芬顿反应器作为处理高浓度废水常用设备之一，后期设备的运作成本受到诸多复杂因素的影响，例如运行时间、反应器所处环境的温度、设备规模大小、所选用化学药剂的品质及操盘手的专业技能水平等等。相关研究表明，针对小型实验或科研项目而言，芬顿反应器的运行成本可能稍显突出，这主要源于所需化学药剂可能较为昂贵。然而，若反应器规模逐渐扩大，其运作成本则会逐步走低，呈现有规律性的变动趋势。更为值得关注的是，在温度环境适宜并辅以操盘手具备丰富经验的条件下，芬顿反应器的运行成本亦将相应地降低。概括而言，芬顿反应器的运作成本主要受限于设备规模与所采用化学药剂的质量，然而透过科学合理的操作方式和优化策略，其运行成本同样可以得到有效的监管与控制。